Jean Fernandez prit les rênes du FC Metz alors que le club vivait une passe difficile après sa relégation en Ligue 2. Il eut la lourde tâche de faire remonter immédiatement le club avec un effectif jeune. Cette mission, il l’a rempli avec brio puisque le club grenat termina troisième et regagna ainsi l’élite. Il maintint le FC Metz en Ligue 1 pendant deux saisons consécutives avant de s’envoler direction Marseille.