Des lendemains qui déchantent
A l'entame de la nouvelle saison, Le FC Metz ne parvient pas à garder ses meilleurs éléments. Même si Joël Muller reste, Robert Pirès, leader du groupe et figure emblématique de la formation lorraine, décide finalement de partir à l'Olympique de Marseille. Courtisé par plusieurs grands clubs, notamment la Juventus de Turin, mais surtout Arsenal, Monaco, le PSG et l'OM, Pirès est séduit par les perspectives ambitieuses que lui proposent les dirigeants olympiens. Il annonce son départ le 22 mai, peu avant la Coupe du monde à laquelle il participe avec l'équipe de France. Le FC Metz, qui a cru, un moment, pouvoir conserver Pirès, reçoit environ 50 MF de la part de l'OM, ce transfert, reste à ce jour , le plus gros transfert de l'histoire du club. Jocelyn Blanchard, lui, est transféré à la Juventus Turin, Rigobert Song à Salernitana (Italie), Cyril Serredszum, après plus de dix ans au club, part pour Montpellier. Ces départs sont compensés par l'engagement de plusieurs joueurs. Ludovic Asuar arrive de Marseille, Franck Rizetto de Montpellier, Sébastien Schemmel de Nancy et David Régis de Karlsruhe.
Mais ces recrues malgré les qualités de certains, ne pallient pas la perte de Pirès et consorts. Carlo Molinari et son staff, vivement critiqués, (comme le Président Herlory à son époque) se défendent en indiquant qu'ils ont réinvesti une partie de l'argent des transferts pour améliorer les infrastructures du club et en assurer la pérennité. Le club a en effet consenti de lourds investissements dans l'achat d'un nouveau siège (inauguré en janvier 2000), de 12 hectares de nouveaux terrains ainsi que dans la réfection des vestiaires.
Comment aurait-il pu se douter qu'à l'orée de la saison 1998-99, l'équipe allait être cruellement affaiblie par les blessures de plusieurs de ses éléments clés ? C'est donc une équipe convalescente qui s'incline à la surprise générale, en tour préliminaire de la Ligue des Champions, contre les amateurs finlandais du HJK Helsinki sans parvenir à combler à Saint-Symphorien le handicap d'un but concédé à l'aller (0-1, 1-1).
Lens, bête noire des Grenats
Le FC Metz intègre malgré tout la Coupe de l'UEFA et y affronte l'Etoile Rouge de Belgrade. Les messins tombent avec les honneurs en s'inclinant aux tirs aux buts à domicile (2-1 / 2-1 et 3 tab à 4), dans un match qui sent la poudre, en raison du conflit yougoslave. Les supporters serbes fanatisés commettent de nombreuses exactions mais leur équipe repart vainqueur. Que ce serait-il passé si Metz s'était imposé ?
Malmenés en Championnat, les joueurs retrouvent l'abnégation, la hargne et la rage de vaincre si chères au club. Diminués par la malchance (Michele Padovano - ancien pensionnaire de la " Juve " et champion d'Europe enrôlé comme joker en cours de saison - se blesse gravement et se rompt le ligament croisé antérieur la veille de la signature de son contrat ; contrat honoré comme il se doit par le Président Molinari), " abandonnés " par Vladan Lukic en cours de saison en raison de la guerre en ex-Yougoslavie, les Grenats sont finalement récompensés de leurs efforts, et après avoir été un temps menacés par la rélégation, finissent 10èmes d'un Championnat très relevé qui voit le couronnement des Girondins de Bordeaux sacrés à l'ultime minute devant l'Olympique de Marseille.
En Coupe de la Ligue, le FC Metz rencontre le 18 avril 1999 à Saint-Symphorien le Montpellier Hérault Sporting Cub de " Loulou " Nicollin ; dans cette demi-finale époustouflante et riche en rebondissements Nenad Jestrovic inscrit trois buts (victoire 4 à 3). Les grenats découvrent le désormais mythique Stade de France, le 8 mai 1999, contre le RC Lens en finale de la Coupe de la Ligue. Malheureusement la bande à Kastendeuch, décidemment malchanceuse à l'image de Philippe Gaillot qui se blesse lors de l'ultime séance d'entraînement, s'incline 1 but à 0 (Moreira 65ème).