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Il était arrivé lors du mercato hivernal de la saison 2019-2020 et quitte le club grenat après deux saisons et demie de collaboration. En fin de contrat avec le FC Metz, Vincent Pajot quitte la Moselle au terme de cette saison 2021-2022.
L’histoire entre le milieu de terrain et la formation messine avait commencé le 31 décembre 2019, lorsque le natif de Domont était prêté avec option d’achat par le SCO d’Angers, club auquel Vincent Pajot appartenait alors. Dès ses premières semaines sous la tunique grenat, le joueur n’a pas tardé à apporter sa connaissance de l’élite dans l’entrejeu lorrain. Auteur d’une demi-saison convaincante, ponctuée de trois passes décisives, Vincent Pajot a pris part au maintien du club en Ligue 1.
L’option d’achat du milieu de terrain automatiquement levée à l’été 2020, Vincent Pajot a connu par la suite un exercice plus contrasté. La faute notamment à une blessure au tendon d’Achille contractée en novembre 2020 sur la pelouse du FC Nantes, qui a obligé l’ancien joueur du Stade Rennais à une longue période de convalescence. En 12 apparitions cette saison-là, Vincent Pajot a, malgré tout, contribué à la 10ème place du FC Metz en Ligue 1, un classement jamais atteint par le club grenat depuis 1999.
Lors de la dernière saison dans l’élite nationale, Vincent Pajot a été un élément important du plan de jeu de Frédéric Antonetti, signant 30 apparitions dont 27 en tant que titulaire. Le 8 mai 2022, face à l’Olympique Lyonnais, le milieu de terrain a par ailleurs inscrit son premier but sous le maillot mosellan.
Après 52 matches avec le FC Metz, Vincent Pajot, arrivé au terme de son contrat, n’est plus un joueur messin. L’ensemble du club remercie le joueur pour son professionnalisme et sa disponibilité dont il a fait preuve depuis son arrivée, et lui souhaite une excellente continuation.